宗教音楽センターは1970年、礼拝堂に設置されたオーストリアのリーガー社製作のパイプオルガンの運営・管理のために設けられたオルガン委員会を前身とし、1977年に現在の組織へと発展しました。礼拝堂のオルガン設置以来、内外から著名なオルガニストを招き、オルガン演奏会やクリスマス演奏会を開催しています。また、公開講演会・オルガン見学会・パイプオルガン講座(ICU生を対象とした個人レッスン)を運営しています。
センターは本館4階にあり、練習用パイプオルガン2台(森有正記念オルガン、ノアックオルガン)、チェンバロ1台、 ピアノ3台を設置し、センターが管理しています。